【質問】
現在当方の所有の敷地に整備工場および事務所が建ててあり、私は特に使用する目的等もありませんでしたので、事業を行いたいと言う人もたまたまおりましたので、1年前に貸すことにしました。

当時は工場のみ使いたいので事務所は必要なくとりあえず工場のみの賃貸契約を結びました。そして入居当日に仲介者の不動産屋さんと借主、そして私と3人で現地で話しをした際、仲介者から「事務所に鍵かけておいておいても何だし使わせてあげれば?」と言われついつい「使いたければ使えばいいし、つかわなければ鍵しておくし」と言った所「じゃぁ、つかわせてもらいます」と言う事で、キチンとした契約は事務所に関しては結ばず、現在借主は事務所兼従業員の休憩所として使っております。

よくわかりませんが事務所に関しては、私に管理責任があるのだと思います。ですが、何かあった時にもめたくないのでキチンと契約をしたいのです。
その際新たにその事務所分の家賃も書面に記入しても大丈夫でしょうか？（一年間無料で使ってきて今更賃貸契約？家賃？と言われそうで心配です。）

【回答】
賃貸借契約は、契約書がなくても締結されたことになります。
このような安易な約束事が将来のトラブルになることは多いのです。 問題は、賃料の発生ということだと思います。 その際には、「ついでに使用しても構わない」との口頭での返事を貴殿がしたからには、契約が一応は成立していることになります。 よって懸念さあれるように、今更賃料の設定をすることは難しいかもしれません。

但し、「ついでに、一時的に承諾しただけに過ぎない」との見解で使用を中止して貰うか 、賃料の発生を通告するようにしたら如何でしょう。 いずれにしましても、トラブルを後日に伸ばすよりも、今回に処理することをお薦めします。